肾母细胞瘤肿瘤微环境相关预后基因鉴定及免疫浸润模式识别

摘要：

目的 探索肾母细胞瘤(WT)中肿瘤微环境(TME)相关基因、免疫细胞浸润模式及其对预后判断的价值.方法 从肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库下载WT基因表达及临床数据,通过ESTIMATE算法估计基质评分、免疫评分及总评分,并根据评分中位数分为高、低评分两组,寻找差异表达基因(DEGs)并进行基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析.单因素及多因素COX回归分析判定DEGs与预后的相关性,构建预后模型.通过MCPcounter算法评估标本免疫浸润模式的特点.结果 对124份WT肿瘤组织进行ESTIMATE评分,显示基质评分和总评分与预后相关,评分高的患者生存时间较评分低的患者长(P=1.973×10-3、1.718×10-3).KEGG富集分析显示,DEGs主要集中在磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路、肾素分泌等通路.构建包含REN/ST6GALNAC1/GABRA5/C10orf71/FMOD共5个基因的预后模型,受试者工作特征(ROC)曲线、校正曲线、决策曲线均显示模型预测能力良好.采用MCPcounter评估肿瘤组织和癌旁正常组织中免疫细胞的浸润数量,发现癌旁正常组织T淋巴细胞、髓样树突状细胞、中性粒细胞、内皮细胞数量高于肿瘤组织,并且Kaplan-Meier(KM)生存曲线显示较高T淋巴细胞浸润预示着更好的预后.不同性别的患者免疫细胞浸润模式无明显差异,低年龄患儿(<3岁)中性粒细胞、单核细胞、内皮细胞数量更多.结论 WT中TME相关基因ST6GALNAC1、REN对患儿预后判断有潜在的临床价值,WT组织的免疫细胞浸润模式存在差异,与患者的临床特征和预后相关.这些基因、免疫细胞可能作为预后指标及治疗靶点.

关键词：肾母细胞瘤、肿瘤微环境、免疫浸润、生物信息学、TCGA

所属期刊栏目：51

分类号：R737.11(肿瘤学)

资助基金：国家自然科学基金81900617

在线出版日期：2022-07-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：2090-2096,2103