腺泡状横纹肌肉瘤相关基因生物信息学分析

摘要：

目的 采用生物信息学方法预测与腺泡状横纹肌肉瘤(ARMS)相关的差异表达基因和信号通路.方法 从基因表达综合数据库GEO中下载得到14组ARMS与正常对照组织产生的系列数据集GSE2787表达谱数据集,依据生物信息学分析方法,采用R语言分析工具筛选差异表达基因.注释、可视化和集成发现的数据库DAVID在线分析工具、R包、已知和预测的蛋白质-蛋白质相互作用STRING数据库及Cy-toscape软件对差异表达基因进行基因功能、信号通路及蛋白-蛋白相互作用网络分析.结果 共筛选出867个差异表达基因,表达上调基因737个,下调基因130个.蛋白-蛋白相互作用网络由752个节点和5 158个交互组成,网络分析列出蛋白相互作用网络的前35个中心节点蛋白.关键差异表达基因主要涉及RNA拼接等生物学过程、核糖核蛋白复合体等细胞组件、RNA结合等分子功能及剪接体信号通路.结论 剪切刺激因子3(CSTF3)、剪接体相关蛋白同源体(CWC25)、Asp-Glu-Ala-Asp解旋酶5(DDX5)等差异表达基因及剪接体信号通路可能与ARMS的发生、发展密切相关.

关键词：计算生物学、横纹肌肉瘤、差异表达基因、信号通路

所属期刊栏目：48

分类号：R685.5(骨科学（运动系疾病、矫形外科学）)

资助基金：国家自然科学基金资助项目81572147

在线出版日期：2019-06-19（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：1552-1555