多芯片整合分析腰椎间盘突出症发生相关的分子通路及关键基因研究

摘要：

目的 利用多芯片整合的生物信息学方法系统性地分析严重退化和轻度退化的椎间盘(IVD)组织的基因表达差异,并探讨潜在的分子机制.方法 从基因表达综合数据库(GEO)下载3组腰椎间盘突出症(LDH)的原始芯片数据.利用R语言SVA软件的Combat函数消除表达数据间的异质性.通过差异、基因功能富集及关联网络分析进一步探索差异基因的蛋白互作(PPI)网络、基因本体(GO)功能和分子通路.结果 基于差异分析,本研究得到149个差异基因.相关分子通路包含HSA03010.核糖体活动(富集数目13,P=8.34×10-9)、HSA000 190:氧化磷酸化(富集数目12,P=7.30×10-8)、HSA045 12:细胞外基质反应(富集数目10,P=1.20×10-4.通过PPI网络分析,连接度较高的基因UBA52,RPLP0,RPL3,RPLP2和RPL27被进一步筛选出来.结论 核糖体活动、氧化磷酸化及细胞外基质反应可能是LDH疾病潜在的分子机制,而UBA52,RPLP0,RPL3,RPLP2和RPL27被认为是LDH疾病发生、发展的关键基因.

关键词：腰椎、椎间盘移位、多芯片整合分析、计算生物学、分子机制

所属期刊栏目：48

分类号：R681.5(骨科学（运动系疾病、矫形外科学）)

资助基金：国家自然科学基金资助项目31300778;吉林省教育厅科研基金资助课题JJKH20180364KJ、JJKH20170052KJ;吉林省卫生和计划生育委员会科技计划基金资助课题2017J081、2016J082;卫生部医药卫生科技发展研究中心资助课题W2014ZT263

在线出版日期：2019-05-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：1089-1093,1098