TCF3-PBX1阳性急性淋巴细胞白血病相关基因的筛选及生物信息学分析

摘要：

目的 研究比较TCF3-PBX1阳性和阴性急性淋巴细胞白血病基因表达的差异,并寻找在特定类型白血病的发生、发展过程中起重要作用的基因,为临床诊疗提供新思路.方法 在公共基因芯片数据库GEO中下载GSEl1877数据集,利用R编程语言,应用贝叶斯检验和倍比法(fold change)筛选差异表达基因(校正P＜0.05,并且log2 (fold change)＞2).利用DAVID数据库进行生物学过程功能富集分析.结果 共获得207个数据集,其中TCF3-PBX1阳性组23个,阴性组184个,最终汇总获取2 890个基因的表达水平,其中27个符合条件的差异基因被选出,这些基因的功能大致分为细胞骨架结构、细胞信号转导、转录调控、细胞黏附、细胞凋亡等.功能富集分析显示BANK1、GAB1、ZAP70等8个基因在TCF3-PBX1阳性白血病发生、发展过程中可能起到关键作用.结论 利用生物信息学方法能有效分析基因芯片数据并获取生物内在信息,TCF3-PBX1阳性白血病的发生是由于多种基因表达改变所致,为确定其早期诊断标志与新治疗靶位提供了新的思路.

关键词：急性淋巴细胞白血病、TCF3-PBX1、R编程语言、基因芯片、生物信息学

所属期刊栏目：46

分类号：R557.4(血液及淋巴系疾病)

资助基金：江西省科技支撑计划项目20151BBG70169;江西省卫生计生委科技计划20155331

在线出版日期：2017-02-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：376-379