乳腺癌脑转移差异表达基因的生物学功能分析

摘要：

乳腺癌脑转移(breast cancer brain metastasis,BCBM)的发病机制尚未明确.为了探究BCBM的发病机制,对BCBM差异表达基因的生物学功能进行研究并筛选关键调控基因.从基因表达综合数据库(gene expression om-nibus,GEO)下载 4 个BCBM基因表达谱数据(GSE12237、GSE100534、GSE125989 以及GSE43837),采用R语言筛选差异表达基因,采用富集分析包括基因本体分析(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书分析(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)进行生物学功能分析,采用STRING和Cytoscape分析蛋白质相互作用网络,采用Kaplan-Meier进行生存分析.结果表明,同时存在于 2 个及以上基因表达谱数据中的差异表达基因 261个,GO分析主要涉及细胞外基质组织、细胞外结构组织等生物过程,细胞外基质结构组成、胶原结合等分子功能,含有胶原的细胞外基质、胶原蛋白三聚物等细胞组分;KEGG分析主要涉及蛋白质消化和吸收、局部黏附等通路.蛋白质相互作用网络分析得到 9 个关键调控基因,其中,DCN、COL6A1 与BCBM的生存率显著相关,可作为潜在的BCBM关键调控基因,并为BCBM分子机制的研究提供思路.

关键词：乳腺癌、脑转移、生物信息学、差异表达基因、功能分析、关键调控基因

所属期刊栏目：36

分类号：TP311;R737.9(计算技术、计算机技术)

在线出版日期：2024-09-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：707-715