沙鞭全长转录组测序及生物信息学分析

摘要：

为了明晰沙鞭(Psammochloa villosa)的转录组特征,本研究利用 PacBio Sequel 测序平台首次对其进行全长转录组测序和数据分析,结果共获得 323 309 个 clean reads,自我矫正产生环形一致性序列(CCS)673 540 个,预测得到蛋白编码区(CDS)序列 28 447 个;MISA软件共搜索得到沙鞭 93 563 个简单重复序列(SSR),分布于 56 824条unigene上;转录本基因功能注释,共有 166 541 条序列得到NR注释,结果显示沙鞭与二穗短柄草(Brachypodi-um distachyon)亲缘最近;KOG数据库比对将 97 892 个 unigene分为 25 个功能类别,其中注释较多的功能为翻译后修饰、蛋白质周转和分子伴侣;GO数据库比对共注释到 87 930 个 unigene,分为生物过程、细胞组成和分子功能3 大类及 62 个亚类分支;KEGG结果表明碳水化合物代谢、信号转导、能量代谢通路中注释基因较多.本研究结果丰富了沙鞭的遗传信息,为今后沙鞭关键耐旱基因的挖掘提供了理论依据.

关键词：禾本科、沙鞭、全长转录组、功能注释、SSR

所属期刊栏目：31

分类号：Q346+.5;Q949.95(遗传学分支学科)

资助基金：青海省自然科学基金面上项目;国家自然科学基金;大学生创新创业训练计划项目

在线出版日期：2023-07-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：1673-1681