无芒隐子草全基因组水平全长LTR反转录转座子鉴定及其中断基因分析

摘要：

LTR反转录转座子是植物基因组内大量可移动的遗传因子,是基因组的重要成分之一.无芒隐子草基因组大小为543 M,全基因组中共鉴定出了299079个LTR反转录转座子,占全基因组的26.54％,但是缺少无芒隐子草全长LTR反转录转座子的研究.基于无芒隐子草全基因组序列,筛选出具有潜在活性的全长LTR反转录转座子845个,其中有410个属于Gypsy超家族,435个属于Copia超家族.对这些序列进行了系统进化树的构建和插入时间的分析,发现全长LTR反转录转座子的大量转座发生在4百万年内,插入时间较近,插入高峰期是1～1.5百万年间.筛选出被全长LTR反转录转座子中断的基因有183个,145个被中断的基因得到了GO功能注释,分析了被中断基因在不同干旱胁迫处理下的基因表达模式.对反转录转座子的鉴定有助于深入了解无芒隐子草的进化过程,为无芒隐子草全长LTR反转录转座子与中断基因的后续研究奠定基础.

关键词：无芒隐子草、全长LTR-RTs、插入时间、中断基因、基因组

所属期刊栏目：30

资助基金：国家自然科学基金;甘肃省知识产权计划项目

在线出版日期：2021-05-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共13页

页码：121-133