羊草叶绿体非编码区多态性标记筛选及群体遗传多样性

摘要：

为筛选多态性丰富的羊草叶绿体非编码区片段,本研究以9个不同地理位置的羊草居群为材料,通过对12个叶绿体非编码区DNA片段测序及其序列间变异分析试图从中找出有遗传差异的叶绿体DNA(cpDNA)片段,并利用有多态性的cpDNA片段进行遗传多样性分析.结果表明,序列ndhF-rpl32、trnL-trnF、trnC-ycf6、aptI-aptH具有比较丰富的变异,可作为下一步研究野生羊草群体遗传学和谱系地理学较为理想的分子标记.在37个羊草个体4条非编码区片段的合并序列中,共检测到15种单倍型,单倍型多态性(Hd)为0.928,核苷酸多态性(Pi)为0.00101;遗传分化指数(Fst)为0.58884,基因流(Nm)为0.17,基因流较小;中性检验Tajima's D(-1.08542)和Fu's Fs(-5.301)均为负值,且差异不显著(P＞0.10),推测羊草遵循中性进化理论,可能经历过种群扩张;AMO-VA结果显示,65％的分子变异出现在居群间,35％出现在居群内;Mantel检验得到,遗传距离与地理距离具有显著相关性(r=0.449,P＜0.05);居群分化值Nst0.386(0.1865)大于Gst0.234(0.1506),差异显著(P＜0.05),表明羊草居群存在分子谱系地理结构.通过系统发育树分析得到,羊草15个单倍型分为两大分支,H2和H10聚为一支,它们与别的居群个体亲缘关系较远,其余单倍型聚为另一支;单倍型网络图显示,H2和H12、H10和H12亲缘关系较远,与系统发育树分析结果基本一致.本研究为羊草的种质资源保护、谱系地理学研究等工作奠定了基础.

关键词：羊草、叶绿体非编码区片段、多态性标记、单倍型、遗传多样性

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资助基金：国家自然科学基金31502008;国家重点基础研究发展计划973计划2014CB138806;中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金项目1610332016005;中国农业科学院草原研究所社会公益类科研机构改革专项和内蒙古自治区科技计划项目资助

在线出版日期：2018-11-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：147-157