肝癌血小板RNA-seq数据的可变剪接分析

摘要：

RNA-seq高通量测序广泛用于全基因组范围寻找新基因及剪接变体.根据RNA-seq数据的高通量及复杂度的特点,选择稳定、快速和准确的数据分析软件是必要的.Hisat2和MISO是免费开源软件,可分析高通量RNA-seq测序数据剪接事件及其差异.本工作通过肝癌和对照组的比较确定了1 1 487个差异剪接事件,包括6 577个外显子跳跃事件,2 447个可变5'和可变3'事件,1 683个互斥外显子事件和780个内含子保留事件.差异剪接事件可注释到2 797个基因.疾病关联和KEGG疾病通路注释分析发现这些基因大多与免疫和癌症相关.8个注释在癌症分类的基因与肝癌有关,其中COMT,CYP2D6,GSTP1,MLH1基因的蛋白互作关系可能与肝癌相关.

关键词：可变剪接、RNA-seq、Hisat2、MISO、肝癌

所属期刊栏目：35

分类号：R318.04(医用一般科学)

资助基金：国家自然科学基金资助项目61271448,11547150;内蒙古自然科学基金资助项目2014MS0311,2014MS0312

在线出版日期：2016-11-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：274-279