六价铬致肝脏损伤作用机制的生物信息学分析
目的:通过生物信息学方法识别六价铬[Cr(Ⅵ)]致肝脏损伤的相关基因,为探讨Cr(Ⅵ)致机体肝脏损伤作用机制的研究提供新的方向.方法:检索基因表达综合(GEO)数据库中与"[Cr(Ⅵ)]liver"相关数据集,下载数据集GSE65198,通过limma包筛选差异表达基因(DEGs),并进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,采用String数据库进行蛋白-蛋白互作(PPI)网络分析,Cytohubba插件筛选hub基因,通过Enrichr网站使用药物特征数据库预测靶向药物分子.结果:选择数据集GSE65198中的样本20例,分为2组.第1组20 mg·kg-1 Cr(Ⅵ)1次暴露后1 d肝脏样本和对照样本各5例;第2组20 mg·kg-1 Cr(Ⅵ)1次暴露后7 d肝脏样本和对照样本各5例,以每组的对照样本作为阴性对照分别筛选得到342个和61个DEGs(|Log2 FC|>1和P<0.05).GO富集分析,DEGs主要富集于对药品反应、有丝细胞分裂和衰老等生物学过程;KEGG分析,主要信号通路包括核糖体生物发生、细胞周期调节和p53信号通路等.PPI网络中hub基因分析,1次暴露后1 d组样本的EBNA1结合蛋白2(EBNA1BP2)、核仁蛋白58(NOP58)、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白样3(GNL3)、核仁蛋白56(NOP56)和WD重复域12(WDR12)及1次暴露后7 d组样本的细胞周期蛋白B2(CCNB2)(在PPI网络中标识符为ENSRNOP00000017117)、细胞周期蛋白A2(CCNA2)、细胞周期蛋白B1(CCNB1)、细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)和驱动蛋白家族成员20B(KIF20B)被筛选为hub基因.靶向药物预测,罗斯科维汀等药物被认定为Cr(Ⅵ)致机体肝脏损伤的靶向药物.结论:Cr(Ⅵ)致肝脏损伤的作用机制可能与细胞周期相关基因有关,罗斯科维汀可能是其潜在的临床治疗药物.
六价铬、肝脏、生物信息学、差异表达基因、损伤
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R114(卫生基础科学)
吉林省科技厅科技发展计划项目20200201156JC
2023-05-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共8页
452-459
