微生物分类单元聚类算法比较研究

摘要：

目的 随着高通量测序技术的发展,产生了大量的微生物16S rRNA基因序列数据.对该数据进行精确的微生物操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)划分,有助于了解环境中微生物的种群组成及分布.方法 本文在真实数据集与模拟数据集上,对现有的7种流行OTU单元聚类算法进行了对比研究,并分析了这些算法的优缺点及使用范围.结果 序列长度、测序深度对聚类结果均有影响.结论 相同的序列相似性阈值下,不同的聚类算法聚类结果差异较大,其中CROP算法的鲁棒性和抗噪性较好.

关键词：聚类、操作分类单元、16S rRNA基因、微生物

所属期刊栏目：33

分类号：R318(医用一般科学)

资助基金：国家自然科学基金61170134,60775012

在线出版日期：2015-01-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：591-597