一串红全基因组调研及SSR特征分析

摘要：

[目的]为了制定更好的一串红全基因组denovo测序策略及筛选SSR标记.[方法]利用Illumina测序平台对一串红基因组大小进行测定,通过生物信息学分析对一串红基因组的重复序列、杂合度等基本信息进行了预估,并进行了初步组装,在此基础上对一串红全基因组进行了SSR查找.[结果](1)一串红全基因组大小预估为841Mbp;(2)一串红基因组杂合度较低,有一定的重复序列;(3)共获得95 982个重复单元长度为1～6碱基及复合型的SSR重复序列,其中单碱基重复的SSR单元最为丰富,共39 903个,占41.6％;其次是二碱基重复类型(24 820个)和复合型(13 281个),所占比例分别为25.9％和13.8％.[结论]为一串红全基因组denovo测序和SSR标记的筛选提供了依据,对于一串红后续的分子水平上的研究及遗传多样性、遗传图谱构建、品种鉴定等提供了应用价值.

关键词：基因组大小、一串红、杂合度、GC含量、SSR

所属期刊栏目：33

分类号：Q789(基因工程（遗传工程）)

资助基金：北京市教育委员会科技计划面上项目KM201510020001;2017年农业部华北都市农业重点试验室开放课题kf2017014

在线出版日期：2018-06-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：15-22