基于坏死性凋亡相关长链非编码RNA构建肝细胞癌预后模型及药物治疗反应分析

摘要：

目的 使用坏死性凋亡相关长链非编码RNA(NRLs)构建肝细胞癌(HCC)预后模型并分析不同风险组间药物敏感性差异,为HCC病人预后预测和临床个体化治疗提供理论依据.方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载HCC病人的RNA测序数据和临床信息.采用共表达网络分析鉴定NRLs.使用单变量Cox回归和LASSO-Cox回归构建预后模型,并在测试集和整个集合中进行验证.运用生存分析、受试者操作特征(ROC)曲线、临床病理分层相关性分析、多变量Cox回归、列线图和校准曲线来评估预后模型.随后,采用基因集富集分析(GSEA)不同风险群体间生物过程和功能的差异.使用单样本基因集富集分析(ssGSEA)来探讨不同风险群体与肿瘤免疫、浸润之间的关系,并采用Pearson相关分析HCC病人预后特征与免疫检查点表达的相关性.最后,使用药物敏感性分析20种化疗药物在不同风险群体中的IC50值.结果 构建了由4个NRLs(ZFPM2-AS1、MKLN1-AS、LINC01116、AP003390.1)组成的风险评分(NRLs risk-Score)预后特征,并根据风险评分中位值将病人划分为高风险组和低风险组.生存分析表明,NRLs低风险组的总生存期(OS)显著高于高风险组;与临床病理特征相比,NRLs risk-Score具有更高的诊断效率,受试者操作特征曲线下面积(AUC)为0.74;临床病理变量分层生存分析表明,高风险组病人OS显著低于低风险组;多变量Cox结果显示,分期(Stage)和NRLs risk-Score可作为HCC病人的独立预后因子,结合临床病理学特征和NRLs risk-Score的列线图显示出较好的预测性能.GSEA分析表明,癌症相关通路主要在高风险组中富集.ssGSEA结果显示,NRLs预测特征与HCC病人的免疫状态显著相关.免疫检查点分析结果显示,高风险组病人的免疫检查点表达较高,表明可能受益于检查点阻滞剂免疫疗法的高风险组HCC病人中免疫功能更为活跃.化疗药物敏感性分析结果显示,16种化疗药物的IC50值在高低风险组间存在差异.结论 4个NRLs的风险特征有助于评估HCC病人预后和分子特征,可用于进一步优化HCC的个性化治疗和管理策略.

关键词：癌、肝细胞、坏死性凋亡、长链非编码RNA、肿瘤免疫微环境、总生存期

所属期刊栏目：27

分类号：R730.53;R544.1;R692.5

资助基金：新疆维吾尔自治区自然科学基金;国家重点实验室开放基金;国家重点实验室开放基金

在线出版日期：2023-07-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：1595-1601,后插7-后插10